O Ministério Público Federal (MPF) ofereceu denúncia contra cinco pessoas por participação na execução de Carlos Marighella.
Foram denunciados os agentes da repressão Amador Navarro Parra, Djalma Oliveira da Silva, Luiz Antônio Mariano e Walter Francisco, que faziam parte das equipes policiais que participaram da operação para eliminar Marighella. A procuradoria ressalva que a ação envolveu diversos agentes identificados, mas que a maior parte já está morta, assim como o próprio delegado Fleury,
Outro denunciado é o legista Harry Shiabata. Segundo o MPF, o médico, em seu laudo, ocultou as informações que indicavam que Marighella foi executado. À época, os policiais apresentaram uma falsa versão de que o guerrilheiro foi morto em uma troca de tiros. Porém, em um dos disparos, há a marca característica de que o cano da arma estava praticamente encostado ao corpo de Marighella.Como ele estava desarmado, o MPF destaca que Marighella poderia ter sido imobilizado e preso. "O que se verifica é que, desde o início, a intenção da repressão era matar Marighella, e não o prender com vida", afirma o autor da denúncia, o procurador Andrey Borges de Mendonça.
O procurador sustenta que a morte aconteceu em um contexto de perseguição sistemática do Estado brasileiro contra a população civil, configurando crime contra a humanidade, sem possibilidade de anistia ou prescrição.
O MPF lembra ainda que o Brasil já foi condenado por duas vezes pela Corte Interamericana de Direitos Humanos (CIDH) pelos crimes cometidos pelo aparato de repressão entre 1964 e 1985, período da ditadura militar. Por isso, o país deve investigar e responsabilizar os envolvidos em assassinatos, torturas e desaparecimentos forçados no período.